Kanıtlar, klorheksidin glukonat (CHG) solüsyonuyla gerçekleştirilen banyonun, sağlık hizmeti ilişkili enfeksiyonlar (SHİE)'a neden olan mikroorganizmaların kolonizasyonunu azalttığını göstermektedir. Bu çalışmada yoğun bakım ünitesi (YBÜ)'nde yatan kanser hastalarında CHG banyosunun MRSA ve VRE kolonizasyonu üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu çapraz tasarımlı çalışmada, kanser hastalarında standart su + sabun banyosuyla %2'lik CHG banyosu karşılaştırılmıştır. Eylül 2018 ile Temmuz 2019 tarihleri arasında 78 hasta iki kola ayrılmıştır. Birinci koldaki hastalar ilk üç gün su + sabunla, ardından üç gün boyunca %2'lik CHG ile yıkanmıştır. Müdahaleler ikinci koldaki hastalara ters sırayla uygulanmıştır. Kontrol ve müdahale dönemi banyo uygulamaları arasında bir arınma günü bırakılmıştır. Banyo öncesi ve sonrasında nazal, kasık ve rektal bölgelerden sürüntü örnekleri alınmıştır. Koyun kanlı besiyerine ekilen örnekler 16-18 saatlik inkübasyon sonrasında incelenmiştir. Gram-pozitif boyanan, katalaz ve koagülaz testleri pozitif olan izolatlar Staphylococcus aureus olarak tanımlanmıştır. Metisiline direnç durumu, Mueller-Hinton agar besiyerinde sefoksitin diskleri kullanılarak disk difüzyon testiyle saptanmıştır. Metisilin direnci BD MAX MRSA XT testi (BD Diagnostics, BD-MAX system, Kanada) ile gerçek zamanlı PCR kullanılarak mecA varlığının belirlenmesi sonucunda doğrulanmıştır. ChromID® VRE seçici besiyerine ekilen örnekler 24 saatlik inkübasyon sonrasında incelenmiştir. Şüpheli görülen koloniler API-ID Strep ile Enterococcus faecium olarak tanımlandıktan sonra direnç durumu VIASURE testi (BD Diagnostics, BD-MAX system, Amsterdam) ile gerçek zamanlı PCR kullanılarak vanA ve vanB varlığının belirlenmesi ile doğrulanmıştır. Altı hastada MRSA kolonizasyonu, dokuz hastada ise VRE kolonizasyonu tespit edilmiştir. CHG banyosu başladıktan sonra birinci kolda nazal MRSA kolonizasyonu azalmıştır. Kollar karşılaştırıldığında, nazal örneklerde MRSA kolonizasyonu ve rektal örneklerde VRE kolonizasyonu birinci kolda ikinci kola göre daha yüksek bulunmuştur. YBÜ'de banyo uygulamaları, hasta güvenliği sorunlarından biri olan SHİE'nin önlenmesi açısından önemlidir. Bu çalışmanın sonuçları, YBÜ'deki kanser hastalarında %2'lik CHG ile günlük banyo yapmanın nazal MRSA ve rektal VRE kolonizasyonunu azalttığını göstermektedir.

Leptospiroz, insan ve hayvanları etkileyen, Antarktika hariç tüm kıtalarda bulunan ve Leptospira cinsi spiroketlerin neden olduğu zoonotik bir enfeksiyon hastalığıdır. Salgınlara yol açabilmesi nedeniyle halk sağlığı açısından önemli bir hastalıktır. Bu çalışmada; kliniğimizde leptospiroz tanısıyla izlenen 11 olgunun, epidemiyolojik özellikleri, saptanan etkenler, klinik ve laboratuvar bulguları açısından retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Hastaların tanısı mikroskobik aglütinasyon testi (MAT) ve/veya ELISA IgM yöntemleriyle konulmuştur. Olguların dokuzunun (%81.8) erkek, ikisinin (%18.1) kadın ve yaş ortalamasının 54.18 (26-68) olduğu belirlenmiştir. Olguların ikisi yaz, dokuzu ise sonbahar-kış aylarında başvurmuştur. Tüm olgular kırsaldan (fındık toplayan, bağ evi olan, hayvancılık ile uğraşan) gelen hastalardır ve bir olgudan gölde balık avlama hikayesi alınmıştır. Olguların tümünde halsizlik şikayeti varken, dokuzunda (%81.8) ateş, altısında (%54.5) bulantı-kusma, üçünde (%27.2) baş ağrısı, dördünde (%36.3) yaygın kas-eklem ağrısı, beşinde (%45.4) ishal, üçünde (%27.2) sarılık, birinde (%9.09) nefes darlığı, üçünde (%27.2) idrar yapamama, ikisinde (%18.1) döküntü (biri vaskülit diğeri ise ilaç erupsiyonu olarak tanımlanmıştır), ikisinde (%18.1) karın ağrısı ve birinde (%9.09) bilateral konjunktival kızarıklık tespit edilmiştir. Hastaneye başvuru sırasında bir olguda akut respiratuvar distres sendromu, bir hastada vaskülit, bir hastada ise trunkal ataksi belirlenmiştir. Tanı amacıyla gönderilen MAT sonucunda: Yedi olguda etken olarak Leptospira interrogans serovar icterohemorrhagiae strain Wijnberg saptanırken, iki olguda L.interrogans serovar Bratislava strain Jez Bratislava, bir olguda L.interrogans serovar Hepdomadis strain Hebdomadis, bir olguda L.interrogans serovar Copenhageni strain Winjberg saptanmıştır. Tüm olgularda L.interrogans tespit edilmiş olup en sık serovar icterohemorrhagiae olarak tespit edilmiştir. Leptospiroz olgularında sıklıkla görülen semptomlar halsizlik, ateş, üşüme-titreme, bulantı-kusma olarak belirlenmiştir. Bu belirtiler birçok hastalığı taklit edebilse de konjunktival hipereminin varlığı tanıda yardımcı olabilir. Leptospiroz multisistemik tutulum nedeniyle farklı kliniklerle de karşımıza çıkabilmektedir (vaskülit, trunkal ataksi gibi). Laboratuvar tetkiklerinde trombositopeni sıklıkla eşlik ederken, total bilirubin, kreatinin ve kreatinin fosfokinaz yüksek seyredebilir. Bu çalışmada prokalsitonin de çoğu hastada yüksek tespit edilmiştir. En sık etken L.interrogans serovar icterohemorrhagiae olarak saptanmış olup, en sık nedenle kemirgenlerin kaynak olduğu düşünülmüştür. Diğer serovarların da tespit edilmesi kemirgenler dışı çiftlik hayvanları ve evcil hayvanların da olası rezervuar olarak rol almış olabileceğini düşündürmüştür. Etkenlerin ve olası kaynakların belirlenmesi sağlık politikalarının oluşturulması açısından önemlidir. Bulaş yollarına yönelik eğitim faaliyetleri sürdürülüp, çevre sağlığı önlemleri alınarak, olası sel gibi felaketlerde salgınların önüne geçilmesi mümkündür. Karadeniz gibi yağışın fazla olduğu bölgelerde iklim koşulları ve Leptospira rezervuar potansiyeli nedeniyle leptospiroz ayırıcı tanıda akılda tutulmalı, farkındalığı arttırmak için daha fazla çalışma yapılmalıdır.

Akut gastroenterit dünya genelinde en yaygın enfeksiyon hastalıklarından biridir. Bu hastalıklar gelişmekte olan ülkelerde çocuk ölümlerine ve ciddi ekonomik kayıplara neden olmuştur. Hastalık genellikle yaygın diyare şeklinde kendini gösterse de bazı olgularda şiddetli enfeksiyon belirtilerine, hatta ölümlere neden olmuştur. Bu çalışmada, gastroenterit şikayetiyle hastaneye başvurmuş hastalardan alınan gaita örneklerinden izole edilen Campylobacter türlerinin tanımlanması, virülans genlerinin polimeraz zincir reaksiyonu [polymerase chain reaction (PCR)] ile araştırılması amaçlanmıştır. Campylobacter sıklığının tespiti için gastroenterit şüphesi olan 850 hasta örneği çalışmaya dahil edilmiştir. Campylobacter izolasyonu için dışkı örnekleri modifiye charcoal sefoperazon deoksikolat agar besiyerine ekilip 42 °C'de 48-72 saat mikroaerofilik şartlarda inkübasyona bırakılmıştır. Campylobacter şüpheli kolonilere katalaz, oksidaz ve Gram boyama yapılmıştır. Dışkıların makroskobik incelemesinde dışkının kıvamı, mukus durumu ve lökosit varlığı araştırılmıştır. DNA izolasyonu taze üreyen kolonilerden ticari QIAampDNA mini kit (Qiagen, Almanya) protokolüne göre yapılmıştır. Bakterilerin tanımlanması ve virülans genlerinin varlığı PCR ile araştırılmıştır. Campylobacter cinsi izolatların moleküler olarak tanımlanmasında 16S rRNA genine spesifik 816 baz çifti (bp) uzunluğundaki C412F ve C1228R primer çifti kullanılmıştır. Campylobacter jejuni'nin hippurase genine spesifik olan 735 bp uzunluğundaki HipO1 ve HipO2 primer çifti kullanılmıştır. Campylobacter coli'nin ise asperkinase genine özel 500 bp uzunluğundaki CC1 ve CC2 primerleri kullanılmıştır. Çalışmada incelenen 850 örneğin 122'sinde Campylobacter spp. üremesi tespit edilmiştir. Pozitif örneklerin 107 (%87.7)'si poliklinik hastalarından, 15 (%12.3)'i ise serviste yatan hastalardan izole edilmiştir. Hastaların yaş grubuna göre dağılımı incelendiğinde en yüksek oranda pozitiflik %39.4 (48) ile 0-5 yaş arasındaki çocuklarda saptanmıştır. PCR ile bu izolatların 106'sı C.jejuni, 11'i C.coli ve beşi Campylobacter spp. olarak tanımlanmıştır. Campylobacter izolatlarının 102 (%83.6)'sinde ciaB geni, 93 (%76.2)'ünde dnaJ geni, 106 (%86.8)'sında cdtC geni ve 115 (94.2%)'inde cdtA geni tespit edilmiştir. cdtB, pldA ve cadF genleri sırasıyla 110 (%90.1), 85 (%69.6) ve 110 (%90.1) izolatta pozitif olarak tespit edilmiştir. Virülans genlerinin türlere göre dağılımına bakıldığında; cadF geninin C.coli izolatlarının hepsinde bulunduğu, cdtA ve ciaB genlerinin diğer Campylobacter spp. izolatlarının tamamında saptandığı tespit edilmiştir. C.jejuni izolatlarının 68'inde, C.coli izolatlarının üçünde, Campylobacter spp. izolatlarının birinde tüm genler pozitif saptanmıştır. Çalışmadaki veriler Campylobacter'in akut gastroenterit hastalıklarında yüksek oranda saptandığını göstermiştir. Bu çalışmanın, klinisyenlerin Campylobacter enfeksiyonlarına olan yaklaşımında yardımcı olacağı düşünülmektedir.

Fusarium türleri, insanlarda keratit ve onikomikoz başta olmak üzere invaziv veya invaziv olmayan çeşitli enfeksiyonlarda etken olan küf mantarlarıdır. Taksonomide Fusarium cinsi, tür kompleks [species complex (SC)]'lere ayrılmış, SC'ler de türlere ayrılmıştır. SC/tür düzeyinde identifikasyonun, morfolojik özelliklere göre yapılmasının güçlüğü nedeniyle moleküler yöntemlerin kullanımı önerilmektedir. Bu çalışmada Fusarium izolatlarının moleküler yöntemlerle identifikasyonu, sıklıkla kullanılan antifungaller için duyarlılık testlerinin yapılması ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada, Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında 2017-2022 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden elde edilen Fusarium izolatları, "internal transcribed spacer" bölgesi dizi analiziyle SC düzeyinde tanımlanmıştır. İzolatların amfoterisin B, vorikonazol ve posakonazol duyarlılıkları "European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing" önerilerine göre standart sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle araştırılmıştır. Fusarium izolatlarının proteaz, fosfolipaz, esteraz aktiviteleri ve biyofilm oluşturma yetenekleri fenotipik testlerle araştırılmıştır. SC'ler ile virülans faktörleri ve antifungaller için saptanan mininum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri arasında istatistiksel bir ilişki olup olmadığı incelenmiştir. Çalışmaya alınan 22 Fusarium izolatının 10'u Fusarium solani SC, altısı Fusarium fujikuroi SC, beşi Fusarium oxysporum SC ve biri Fusarium incarnatum-equiseti SC olarak tanımlanmıştır. Antifungal duyarlılık testi sonucunda izolatların MİK90 değerlerinin amfoterisin B için 16 μg/mL, vorikonazol ve posakonazol için > 32 μg/mL olduğu görülmüştür. F.oxysporum SC izolatlarında posakonazol MİK değerleri, diğerlerine göre istatistiksel olarak anlamlı oranda düşük saptanmıştır. Fusarium izolatlarının yedisinde (%32) proteaz, 21 (%95)'inde esteraz, 13 (%59)'ünde fosfolipaz, 12 (%55)'sinde biyofilm oluşum testi pozitif bulunmuştur. F.solani SC izolatlarının F.oxysporum SC ve F.fujikuroi SC izolatlarına göre daha yüksek oranda biyofilm oluşturması istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Diğer virülans faktörleri için türler arasında anlamlı fark bulunamamıştır. Çalışmada Fusarium izolatlarının amfoterisin B, vorikonazol ve posakonazol için saptanan MİK değerleriyle proteaz, fosfolipaz ve esteraz enzim aktiviteleri arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki saptanmamıştır. Biyofilm oluşturan Fusarium izolatlarında posakonazol için saptanan MİK değerleri biyofilm oluşturmayan izolatlara göre istatistiksel olarak anlamlı oranda yüksek saptanmış, biyofilm oluşumuyla amfoterisin B ve vorikonazol MİK değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki saptanmamıştır. Sonuç olarak, Fusarium türlerinin tanımlanmasında moleküler yöntemlerin kullanımının gerekli olduğu, Fusarium türlerinin virülans faktörleri ve antifungal duyarlılığı ile ilgili daha kapsamlı çalışmalara ihtiyaç olduğu görüşüne varılmıştır.

Son yıllarda pandemi nedeniyle virüslerin tanı ve tedavisine yönelik terapötik yöntemlerin geliştirilmesi ve antivirallerin test edilmesi amacıyla çok sayıda in vitro çalışma yapılmaktadır. Literatürde SARS-CoV-2'nin modellenebilmesi için HCoV-229E'nin kullanımının güvenli ve yeterli olup olmadığını inceleyen çalışmalar sınırlıdır. Bu sebeple bu çalışmada, BSL-2 şartlarında gerçekleştirilebilen HCoV-229E kültürü ve kantitasyon çalışmalarının, BSL-3 şartları gerektiren SARS-CoV-2 deneylerinde bir ön çalışma modeli olup olamayacağının antiviral etkinlik analizleri üzerinden araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada HCoV-229E üretimi ve analizleri için MRC5 hücreleri, SARS-CoV-2 üretimi ve analizleri için Vero-E6 hücreleri kullanılmıştır. Üretim boyunca hücre morfolojileri ve CPE günlük olarak ters ışık mikroskobuyla incelenmiş ve üretim esnasında kültür süpernatantlarından alınan örneklerle kültürlerdeki logaritmik artış gösteren viral RNA yükleri, RT-PCR ile doğrulanmıştır. Ardından, virüs kantitasyonu için literatürde sıklıkla kullanılan PFU/ml ve laboratuvarımızda geliştirilen yeni bir yöntem olarak kristal viyole boyamasıyla revize edilen TCID50/ml kantitasyon testi gerçekleştirilmiştir. Antiviral analizler için klinikte SARS-CoV-2'ye karşı kullanılmış remdesivir, molnupiravir ve oseltamivir kullanılmış ve HCoV-229E ve SARS-CoV-2 üzerinde test edilen bu ilaçların etkinlikleri, virüs inokülasyonu öncesi ve sonrasında uygulanarak paralel kültürlerde çalışılmıştır. Uygulamalar sonucunda gruplardaki viral RNA baskılanmaları, kantitatif PCR yöntemiyle incelenmiştir. Remdesivirin SARS-CoV-2 üzerindeki antiviral etkisinin, HCoV-229E üzerindeki etkisinden en az 12 saat daha uzun sürdüğü ve ilacın HCoV-229E ile inoküle kültürlerde profilaktik olarak uygulanması durumunda ilk 24 saatte viral yükü baskılaması açısından daha etkin olduğu tespit edilmiştir. SARS-CoV-2 için remdesivirin uygulama zamanına (24 saat ya da 48 saat) bağlı bir farklılık gözlenmemiştir. İlk 24 saatte profilaktik olarak uygulanan molnupiravir ve oseltamivirin her iki virüse karşı antiviral etkinliğinin, virüs inokülasyonu sonrası kullanıma göre daha fazla olduğu gözlenmiştir. Ayrıca, molnupiravir ve remdesivirin virüs inoküle kültürlerde hücre morfolojileri üzerinde sitotoksik bir etkisi bulunmazken, oseltamivirin hücre canlılığını etkileyen olumsuz etkileri ters ışık mikroskobuyla tespit edilmiştir. Sonuç olarak, SARS-CoV-2 ve HCoV-229E ile inoküle hücrelere in vitro olarak 10 μM dozunda profilaktik olarak uygulanan remdesivir ve molnupiravirin en yüksek antiviral etkinliğinin ilk 24 saatte gerçekleştiği, hücre canlılığı üzerinde en az sitotoksisiteye sebep olan ilacın ise remdesivir olduğu saptanmıştır. Bu çalışmada, SARS-CoV-2 ile karşılaştırmalı olarak yürütülen HCoV-229E üretim, kantitasyon ve ilaç uygulama protokollerinin standardize edilmiş versiyonları yer almaktadır. Profilaktik olarak uygulanan tüm ilaçların 12 ve 24. saatlerde viral RNA yüklerini baskılaması, 48. saatteki değerlendirmeye göre her iki virüste de benzer bulunmuştur. Bu çalışmayla, SARS-CoV-2 için geliştirilen antiviral ilaç adaylarının HCoV-229E üzerinde de benzer etkilere sebep olarak HCoV-229E'nin SARS-CoV-2 çalışmalarında ön bilgi vermesi açısından bir model olabileceği sonucuna varılmıştır. Bu sebeple, SARS-CoV-2 ile ilgili yapılan çalışmalarda BSL-3 koşulları bulunmayan laboratuvarlarda, BSL-2 şartlarında üretimi ve testleri yapılabilen HCoV-229E'nin güvenli olarak kullanılabileceğine karar verilmiştir.

Layşmanyaz, yaklaşık 90'dan fazla ülke ve bölgeden bildirilen, ciddi ve endemik bir bulaşıcı hastalıktır. Kutanöz layşmanyaz (KL) ise vücudun açıkta kalan bölgelerinde oluşan, başlıca semptomları arasında vektör Phlebotomus ısırığından altı ay sonra kronikleşebilen veya kendiliğinden iyileşebilen ciltte tek, birden fazla ülserli veya nodüler lezyonlar bulunan, ölümcül olmayan ancak kalıcı izler bırakabilen bir hastalıktır. Klasik tedavi yöntemleri, uygulamada zorluk, direnç gelişimi ve yan etki gibi bir dizi soruna neden olmaktadır. Fotodinamik tedavi (FDT), KL tedavisi için etkili, uygulaması kolay ve invaziv olmayan büyük bir potansiyel göstermektedir. Antilayşmanyal tedavi için yeni modalitelerden olan FDT, ışık ve fotosensitizerin eş zamanlı kombinasyonuyla antilayşmanyal etkileri artırmayı hedeflemektedir. Bu çalışmada, FDT'nin antilayşmanyal etkisinin incelenmesi hedefine yönelik olarak temoporfin aracılı fotodinamik inaktivasyonun Leishmania tropica promastigotları üzerindeki antilayşmanyal etkisinin ve olası mekanizmalarının in vitro olarak gösterilmesi amaçlanmıştır. Parazitler 0.5, 1, 2, 4, 8 ve 16 μM temoporfin ile 50 dakika süreyle inkübe edilmiş ve 50 dakikalık 1.71 J/cm²'lik bir akıyla kırmızı ışığa maruz bırakılmıştır. Hücre canlılığının değerlendirilmesi için MTT testi kullanılmış ve morfolojik değişiklikler Giemsa boyama yöntemiyle analiz edilmiştir. L.tropica promastigotlarında aşırı ifade edilen reseptörlere en yüksek bağlanma afinitesini bulmak için ise moleküler yerleştirme yöntemi kullanılmıştır. Temoporfin ve kırmızı ışık kombinasyonu ile L.tropica promastigot canlılığının sadece temoporfin grubuna göre anlamlı derecede azaldığı bulunmuştur. Temoporfin ve kırmızı ışık kombinasyonu sonucunda gözlenen IC50 değeri L.tropica için 1.924 μM olarak tespit edilmiştir. 1.924 μM konsantrasyonda sadece temoporfin ve sadece kırmızı ışık uygulamasının L.tropica promastigotları üzerinde anlamlı bir etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. Ayrıca temoporfin aracılı kırmızı ışık grubunda fusiform şeklin değişmesi, kamçı ve çekirdek kaybı gibi tipik morfolojik özelliklerin kaybolduğu da tespit edilmiştir. Moleküler yerleştirme yöntemine göre ise amfoterisin B ve temoporfin 5WB5 proteininin üç boyutlu modeline sırasıyla -7.4 kcal/mol ve -6.9 kcal/mol bağlanma afinitesi göstermiştir. Temoporfin ile kırmızı ışık kombinasyonu, L.tropica promastigotlarını invaziv olmayan bir tedavi olarak inaktive etme potansiyeline sahiptir. Tedavide kullanılan FDT bileşenleri olan kırmızı ışık ve temoporfinin herhangi bir sitotoksik etkisinin bulunmaması, amastigot veya hayvan modelleri üzerine yapılacak daha ileri çalışmalar için önemli bir fırsat sunmakta ve potansiyel klinik uygulamalara zemin hazırlamaktadır.

İnsanlığın karşı karşıya kaldığı en önemli halk sağlığı sorunlarından biri olan ilaç direnci, antilayşmanyal ajan geliştirmede yeni stratejileri ve yaklaşımları zorunlu kılmaktadır. Dışa atım pompa inhibitörleri (DAPİ) ve diğer aday ajanlar ile ilgili gelişmeler umut verici olmakla birlikte, mevcut antilayşmanyallerin kullanım sürelerini ve etkinliklerini artırabilme arayışları da devam etmektedir. Bu çalışmada rezerpin (REZ), berberin (BER) ve verapamil (VER) olmak üzere üç adet DAPİ'nin antilayşmanyallere etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. DAPİ'ler, pentostam (PEN) ve miltefosin (MİL)'in, Leishmania tropica ve Leishmania infantum suşlarına karşı, antilayşmanyal etkinliği sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlenmiştir. Minimum parazitisit konsantrasyon (MPK) değerleri invert mikroskopla, IC50 değerleri ise MTT canlılık tayin yöntemiyle saptanmıştır. Antilayşmanyal etkinlikleri belirlenen DAPİ'lerin MİL ve PEN üzerine etkileri dama tahtası (checkerboard) yöntemiyle araştırılmıştır. Antilayşmanyal ilaçlardan MİL ve PEN'in L.tropica ve L.infantum için MPK değerleri sırasıyla 24 ve 48. saatlerde 64 ve 196 μg/mL olarak saptanmıştır. DAPİ'lerden REZ ve BER için MPK değerleri, aynı inkübasyon süreleri için sırasıyla 314 ve 64 μg/mL, VER için 24. saatte 80 μg/ mL, 48. saatte ise 40 μg/mL olarak belirlenmiştir. Antilayşmanyallerden MİL'in IC50 değerleri L.tropica ve L.infantum için 24 ve 48. saatlerde sırasıyla, 4.91/3.47 ve 4.05/2.91 μg/mL, PEN'in ise aynı inkübasyon sürelerinde sırasıyla, 34.58/59.86 ve 18.48/40.63 μg/mL olarak hesaplanmıştır. DAPİ'lerden REZ, BER ve VER'in IC50 değerleri L.tropica için 24/48. saatlerde sırasıyla, 74.05/50.61, 7.27/6.1 ve 12.52/4.53 μg/ mL, L.infantum için ise 64.52/51.72, 8.21/8.01 ve 11.59/7.69 μg/mL olarak hesaplanmıştır. MİL'in; REZ, BER ve VER ile kombinasyonunda, 24 ve 48 saatlik inkübasyon koşullarında sinerjik etkileşim görülmüştür. PEN'in, REZ ile kombinasyonunda 24. saatte kısmi sinerji, 48. saatte ise sinerji görülürken, BER ve VER ile kombinasyonunda her iki inkübasyon koşulunda da sinerjik etkileşimler saptanmıştır. Sinerji sonuçları hem L.tropica hem de L.infantum suşlarında aynı bulunmuştur. Son yıllarda yeni antimikrobiyallerin keşfine yönelik araştırmaların hızının önemli ölçüde azalmasıyla direnç mekanizmalarına etki edebilecek yeni moleküllerin araştırılması zorunlu hale gelmiştir. DAPİ'lerin, ilaç direnciyle mücadelede antilayşmanyal ajanların klinik performansını artırabilecek ve yan etki düzeyini azaltabilecek umut verici bir yaklaşım olabileceği düşünülmektedir.

Sıtma, her yıl dünya nüfusunun yarısından fazlası için ciddi bir tehdit oluşturmaya devam etmektedir. Hastalığa neden olan Plasmodium parazitleri, yalnızca insanlarla sınırlı kalmayıp sürüngenlerden kuşlara, memelilerden diğer omurgalılara dek geniş enfeksiyon yelpazesine sahiptir. Plasmodium türleri, çevredeki değişikliklere uyum sağlamalarını sağlayan olağanüstü genetik esnekliğe sahiptir ve bu da onlara sıtma ilaçları gibi tedavi edici maddelere karşı hızla direnç geliştirme ve konakçı özgüllüğünü değiştirme potansiyeli verir. Parazitler, omurgalı konakların eritrositlerinde dinamik olarak çoğalır ve bu parazitlerin gelişimi sırasında hücrede biyolojik makromoleküllere zarar veren çok sayıda reaktif oksijen türü üretilmektedir. Plasmodium falciparum'un neden olduğu şiddetli sıtma türü olan serebral sıtma, karmaşık bir nörolojik sendromdur. Sağ kalanlarda davranışsal zorluklar, bilişsel eksiklikler ve epilepsi riski görülür. Serebral sıtma, çoklu organ disfonksiyonuyla ilişkilidir. Serebral mikrodamarlarda enfekte eritrositler, trombositler ve lökositlerin (makrofajlar, CD4+ ve CD8+ T hücreleri ile monositler) yapışması ve birikmesi hastalığın ilerlemesinde önemli bir rol oynar. Pıhtılaşma ve endotel disfonksiyonuyla mikrovasküler tıkanıklık nörolojik hasara ve hastalığın şiddetine katkıda bulunur. Bu çalışmada Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Parazitoloji Anabilim Dalı rutin tanı laboratuvarlarında sıtma tanısı alan importe ve yerli hastalardan izole edilen Plasmodium spp. izolatlarının moleküler farklılıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Ateş, titreme ve üşüme şikayetiyle hastanemize başvuran hastaların periferik kanlarından ince yayma preparatlar hazırlanarak Giemsa ile boyanıp x100 objektifli mikroskop altında incelenmiştir. Hastaların ince yayma preparatları incelendiğinde Plasmodium cinsine ait trofozoitler ve gametositler tespit edilmiştir. Rutin mikroskop incelemesi ve tür tayinine yönelik yapılan moleküler prob bazlı kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu [quantitative real-time polymerase chain reaction (qRt-PCR)] çalışmaları sonucunda hastaların enfekte oldukları Plasmodium spp. türleri tespit edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen 17 Plasmodium spp. izolatının 10'u P.falciparum, beşi Plasmodium vivax, biri Plasmodium ovale ve biri Plasmodium knowlesi izolatlarından oluşmuştur. P.vivax ile P.falciparum için mitokondriyal COX-1 gen bölgelerini ve P.ovale ile P.knowlesi için 18S rRNA gen bölgelerini hedefleyen konvansiyonel PCR çalışması sonucunda elde edilen PCR ürünlerine DNA dizi analizi uygulanmıştır. DNA dizileme sonuçları, BLAST analizi ve MEGA programıyla filogenetik analiz yapılarak değerlendirilmiştir. Elde edilen verilerin BLAST araması ile Genbank'a daha önce girilen benzer izolatlarla uyumlu olduğu görülmüştür. Sıtma, bulaşıcı hastalıklara bağlı ölüm nedenlerinin başında gelmektedir. Sıtma kontrol programları, eradikasyon çalışmaları içinde değerlendirildiğinde mevcut türlerin ve moleküler çeşitliliklerinin ortaya çıkarılmasının; aşı, ilaç ve direnç çalışmaları gibi önemli çalışmaların temelini oluşturmaları noktasında son derece değerli olduğu düşünülmektedir.

Tüm dünyada önemli bir halk sağlığı sorunu olan non-tifoidal Salmonella (NTS) sıklıkla gastrointestinal enfeksiyonlara neden olmakta ve taşıyıcılığa yol açabilmektedir. NTS'nin idrarda izolasyonu ve idrar taşıyıcılığı oldukça nadirdir ve predispozan faktörlerin varlığında sıklığı artmaktadır. Kinolon dirençli Salmonella spp. oranlarının hızla arttığı günümüzde, özellikle risk grubundaki hastalarda doğru tedavi protokolünün uygulanması, taşıyıcılık gelişiminin önlenmesi için en temel adımdır. Bu olgu raporunda, idrarda Salmonella Enteritidis taşıyıcılığı olan insan immün yetmezlik virüsü [human immunodeficiency virus (HIV)] ile enfekte bir hasta sunulmuştur. Elli dokuz yaşında erkek hasta dizüri şikayetleriyle polikliniğe başvurmuştur. Hastanın HIV enfeksiyonu nedeniyle takip edildiği ve uygun antiretroviral tedavi aldığı saptanmıştır. Koroner arter hastalığı, hipertansiyon, kronik böbrek yetmezliği ve nefrolitiyazisi olduğu öğrenilmiştir. Ateşi olmayan hastanın fizik muayenesinin normal olduğu; idrar kültüründe Salmonella spp. ürediği ve serotiplendirme yapılarak S.Enteritidis rapor edilmiştir. Duyarlılık profili disk difüzyon yöntemiyle ampisilin, seftriakson, sefotaksim ve trimetoprim/sülfametoksazole duyarlı, gradiyent test yöntemiyle siprofloksasine dirençli (MİK= 0.19 mg/L) bulunmuştur. Alt üriner sistem enfeksiyonu (ÜSE) düşünülen hastaya beş günlük sefiksim tedavisi başlanmıştır. Tedavi sonrası şikayetlerinde düzelme olmayan hastanın kültüründe tekrar S.Enteritidis üremiştir. Yakın zamanda gastroenterit geçirdiği öğrenilen hastadan alınan dışkı örneğinde Salmonella spp. ürememiştir. Hasta iki hafta daha sefiksimle tedavi edilmiş ve kontrol kültüründe üreme olmamıştır. Birkaç hafta sonra üriner semptomları tekrarlayan hastanın idrar kültüründe tekrar S.Enteritidis üremesi gözlenmiş ve tedavi planlanmıştır. Ürolojik değerlendirmede bilateral çoklu taş ve kortikal kistler saptanmış ve operasyonun mümkün olmadığı belirtilmiştir. Hastanın 27 ay boyunca idrar kültürlerinden izole edilen 12 izolat, AP-PCR kullanılarak genotiplendirilmiş ve tüm izolatların aynı genotipte olduğu gösterilmiştir. Hastanın takipleri sırasında semptomatik veya asemptomatik olduğu dönemlerde 27 ay boyunca bakteriüri devam etmiş ve HIV enfeksiyonu ve altta yatan nefrolitiyazisle ilişkilendirilmiştir. Mevcut tablo, olası Salmonella gastroenteriti sonrası gelişen NTS kaynaklı ÜSE ve takip sırasında gelişen üriner taşıyıcılık olarak değerlendirilmiştir. NTS kaynaklı ÜSE tespit edildiğinde, hastalar risk faktörlerinin varlığı açısından değerlendirilmelidir. Risk faktörlerinin ortadan kaldırılması, tam kür elde etmek ve taşıyıcılığı önlemek için kritik öneme sahiptir. Aksi takdirde, uzun süreli antibiyotik tedavisinin dahi yetersiz kalması mümkündür. Salmonella enfeksiyonlarının tedavisinde ve dekolonizasyonunda ilk seçeneklerden biri olan florokinolonlara karşı artan direnç oranları endişe vericidir. Akılcı ilaç kullanımının yanı sıra, ilaç direncinin gelişiminde büyük rol oynadığı gösterilen tarım ve hayvancılık sektöründe antimikrobiyal kullanımına ilişkin politikaların titizlikle düzenlenmesi önem arz etmektedir. Ayrıca HIV ile yaşayan kişi sayısı göz önüne alındığında, bu hastaların takibinde NTS enfeksiyonları akılda tutulmalı ve hastalar taşıyıcılık açısından izlenmelidir.

The increasing antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa, responsible for both community-acquired and hospital-acquired infections, is of global significance. The primary mechanisms contributing to resistance development in P.aeruginosa include the increased activity of efflux pumps, decreased permeability of outer membrane porins and the production of carbapenemases. This study aimed to determine the effects of resistance nodulation division (RND) efflux pumps, outer membrane porin D (OprD) outer membrane protein and carbapenemase production on the development of resistance to different antibiotics in P.aeruginosa isolates. Eighty P.aeruginosa isolates obtained from clinical samples in our hospital between 2019 and 2021 were included in the study. Species-level identification of the isolates was performed using MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics, Germany). Antibiotic susceptibilities were determined using the VITEK® 2 (bioMérieux, France) system according to the criteria of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). The expression levels of the outer membrane porin protein OprD and the regulatory genes of efflux pumps (mexB, mexC, mexE, and mexX) were investigated using real-time quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (Rt-qPCR). The rpsL gene was used as the reference gene and P.aeruginosa PAO1 strain was used as the control strain in Rt-qPCR. Comparative expression analysis was calculated using the delta-delta cycle threshold (ΔΔCt) method. The presence of blaOXA-48, blaNDM, blaVIM, blaIMP, blaKPC and blaOXA-10 was investigated by PCR. Clonal relationships among the isolates were determined by AP-PCR using the M13 primer. Band profiles were analyzed using GelCompar II (Applied Maths) software. Decreased OprD expression was detected in 63.7% of the isolates and 74% of carbapenem-resistant isolates. The decrease in OprD expression was found to be significant only between the carbapenem-susceptible (n= 30) and carbapenem-resistant (n= 50) groups (p= 0.014). The overexpression rate of mexB was 82% in carbapenem-resistant isolates and 33% in carbapenem-susceptible isolates; 76.6% in multidrug-resistant (MDR) isolates and 45.5% in non-MDR isolates (p= 0.001 and p= 0.004, respectively). The overexpression rate of mexX was 68% and 40% in the amikacin-resistant and susceptible groups, respectively; and 64.3% and 40.4% in the gentamicin-resistant and susceptible groups, respectively (p= 0.02 and p= 0.041, respectively). Overexpression of mexX was found in 61.7% of MDR isolates and 30.3% of non-MDR isolates (p= 0.006). No significant difference was found in the expression of mexC and mexE between antibiotic-susceptible and resistant groups. While blaOXA-10 was detected in 32% (16/50) of carbapenem-resistant isolates, blaOXA-48, blaNDM, blaVIM, blaIMP, blaKPC were not detected in any of the isolates. AP-PCR analysis identified 64 different genotypes and no dominant genotype was observed. The isolates were grouped into 14 different clusters with a clustering rate of 36%. RND efflux systems play a crucial role in the development of antibiotic resistance in P.aeruginosa. This study showed that overexpression of mexB and decreased expression of OprD contributed to the development of carbapenem resistance, while overexpression of mexX contributed to the development of amikacin and gentamicin resistance. Overexpression of mexB and mexX has significant correlation with MDR isolates. The detection of blaOXA-10 in 16 isolates suggests that the presence of this resistance gene may contribute to the development of carbapenem resistance.

The aim of this study was to investigate the frequency of sasX, arginine catabolic mobile element (ACME) genes, biofilm formation and some biofilm related virulence factor genes in causative and contaminant coagulase negative staphylococci (CNS) strains isolated from blood cultures. Of the 150 CNS strains included in the study, 50 were grouped as infectious agents and 100 as contaminants. Biofilm formation of the strains was investigated by microplate method and the presence of sasX, ACME, mecA and biofilm associated virulence factor genes icaA, icaD, aap, bhp and IS256 were investigated by inhouse polymerase chain reaction method. While 52% of the strains in the infectious agents group and 57% of the strains in the contamination group phenotypically formed biofilm; when the levels of biofilm positivity were compared, it was observed that the strains in the infectious agents group (30%) formed biofilm at a stronger level than the strains in the contamination group (14%) (p= 0.027). Biofilm-associated icaA, icaD, IS256, aap and bhp genes were found positive in 33%, 45%, 43%, 74% and 6% of the strains in the contamination group and 64%, 62%, 64%, 74% and 8% of the strains in the infectious agents group, respectively. ACME gene regions arcA, kdpA and opp3B and sasX related gene region were found positive in 30%, 7%, 8% and 14% of the strains in the contamination group and in 12%, 2%, 6% and 10% of the strains in the infectious agents group, respectively. The positivity of icaA, icaD and IS256 genes alone or together in the infectious agents group (p< 0.001, p= 0.050, p= 0.015, respectively) and the positivity of ACME and arcA in the contamination group (p= 0.008, p= 0.015, respectively) were statistically significantly higher. No significant difference was found between the two groups for sasX, aap and bhp genes. In conclusion, among the CNS strains isolated from blood cultures, strains that form a strong biofilm and are positive for biofilm-associated gene regions alone or together can be considered as infectious agents, while strains that are found to be arcA positive in the absence of clinical signs of infection can be considered as contaminants.

Brucellosis is a zoonotic disease that causes high rates of morbidity and mortality due to difficulties in diagnosis and inadequate treatment. The purpose of this study was to assess the diagnostic significance of presepsin, trigger receptor expressed on soluble myeloid cells-1 (sTREM-1), and interferon-gamma (IFN-gamma) levels in patients with brucellosis. One hundred twenty-one brucellosis patients aged 18 or over and 39 healthy volunteers were included in this prospective study. The cases were classified as either acute, subacute or chronic according to the duration of symptoms. Serum was separated from blood samples taken from all groups and presepsin, sTREM-1, and IFN-gamma levels were determined before treatment. Serum presepsin, sTREM-1, and IFN-gamma levels were all significantly elevated in patients with Brucellosis compared to the control group (p< 0.05). Serum presepsin and sTREM-1 levels were also significantly higher in patients with acute brucellosis compared to the subacute and chronic groups (p< 0.05). The lowest serum IFN-gamma levels were observed in the chronic Brucellosis group. Significant moderately strong, positive correlations were determined between presepsin and sTREM-1 and IFN-gamma values (r= 0.695, r= 0.769, p< 0.001). Significant low-level positive correlations were observed between presepsin and AST, BUN and CRP (r= 0.215, r= 0.214, and r= 0.279, respectively p< 0.05). Higher serum presepsin levels were determined in patients with positive blood cultures than in those with no blood culture growth (p< 0.05). At a threshold value of 469.43 pg/mL, the presepsin test exhibited 95% sensitivity and 89% specificity in differentiating cases of Brucellosis from the healthy group. At a threshold value of 27.14 pg/mL, the sTREM-1 test exhibited 93% sensitivity and 84% specificity in differentiating Brucellosis cases from the healthy control group. Serum presepsin, sTREM-1 and IFN-gamma levels may be helpful in distinguishing patients with Brucellosis from healthy individuals and in differentiating between acute, subacute, and chronic Brucellosis.

As the number of coronavirus diseases-2019 (COVID-19) cases have decreased and measures have started to be implemented at an individual level rather than in the form of social restrictions, severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) still maintains its importance and has already taken its place in the spectrum of agents investigated in multiplex molecular test panels for respiratory tract infections in routine diagnostic use. In this study, we aimed to present mutation analysis and clade distribution of whole genome sequences from randomly selected samples that tested positive with SARS-CoV-2 specific real-time reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) test at different periods of the pandemic in our laboratory with a commercial easy-to-use kit designed for next-generation sequencing systems. A total of 84 nasopharyngeal/oropharyngeal swab samples of COVID-19 suspected patients which were sent for routine diagnosis to the medical microbiology laboratory and detected as SARSCoV-2 RNA positive with rRT-PCR were randomly selected from different periods for sequence analysis. Library preparation for sequencing was performed with the commerical EasySeq SARS-CoV-2 RC PCR kit (Nimagen, the Netherlands). The data generated from the Illumina MiSeq system (Illumina Inc, San Diego, CA, USA) were analysed using CLC Genomics Workbench (CLC, Qiagen, Hilden, Germany). Nextstrain clades detected in order of frequency were 21J (Delta) (25%, n= 21), 21L (Omicron) (23.8%, n= 20), 20B (19%, n= 16), 20A (15.5%, n= 13), 21K (Omicron) (11.9%, n= 10), 19A (3.6%, n= 3), and 22B (Omicron) (1.2%, n= 1). Excluding one patient sample which was identified as 22B (Omicron), a total of 2829 common distinct mutations (2076 missense, 551 synonymous, 192 deletions and 10 insertions) were detected. 100 mutations were observed in the non-coding 5' untranslated region (UTR). The majority of the mutations were located in the Spike gene region (1120 mutations), followed by the ORF1a (624 mutations), nucleocapside (315 mutations) and ORF1b (263 mutations) gene regions. Sampling times of the patients were March 2020 (n= 1), April 2020 (n= 11), May 2020 (n= 1), June 2020 (n= 2), July 2020 (n= 3), August 2020 (n= 1), September 2020 (n= 5), November 2020 (n= 2), December 2020 (n= 6), December 2021 (n= 19), January 2022 (n= 11), March 2022 (n= 16), April 2022 (n= 3), and June 2022 (n= 3). As a result, in this study, SARS-CoV-2 variants and mutations in the Mediterranean Region of Türkiye, Antalya province were analyzed in detail. To the best of our knowledge, no SARS-CoV-2 genome analysis study from the pandemic period has been reported in our province. When the sequences from our study were uploaded to the GISAID Instant Audacity system and the related genomes obtained from different countries in the EpiCoV database metadata were examined, the top two countries in terms of similarity and which could be associated with the main entry route of the virus into Türkiye were Germany and the United Kingdom. In today's world, where it is discussed what can be done to be prepared for possible new pandemics based on the COVID-19 pandemic, the importance of being proactive in molecular surveillance studies is indisputable. Developing countries should be supported and encouraged to research new variants and share data in addition to known variants in pandemic control. At this point, we believe that past pandemic data reported from different geographical regions will also be valuable in terms of predicting the circulation network and taking precautions in a possible new pandemic.

The severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) virus has mutated at a high rate since the beginning of the pandemic, leading to the formation of different variants. Alpha, Beta, Gamma, Delta and Omicron have emerged as concerning variants identified by the World Health Organization (WHO). The Omicron variant and its sublineages became dominant worldwide in 2022. EG.5, a sublineage of Omicron, was associated with increased cases recently. In this study, we aimed to investigate the relationship between SARS-CoV-2 variants and the severity of the disease by using the whole genome sequence analysis method in patient samples diagnosed with coronavirus diseases 2019 (COVID-19) in our hospital and to contribute to SARS-CoV-2 surveillance in our country, in the period until the end of 2023, after the announcement of the EG.5 variant. The study included 68 patient samples that were found to be SARS-CoV-2 positive by polymerase chain reaction. Nasopharyngeal/oropharyngeal swab samples obtained from the patients were analysed by syndromic multiplex viral polymerase chain reaction panel. Whole genome sequence analysis was performed on SARS-CoV-2 positive patient samples with high viral load. Barcoded sequencing library was prepared and extracted DNA was sequenced on the Illumina next generation sequencing platform using COVIDSeq test kits (Illumina, USA). The library was loaded into a NextSeq 500/550 high output reagent cartridge v2 75 cycle, NextSeq 500/550 high output flow cell on the NextSeq 550 instrument (Illumina, USA). The DRAGEN COVID lineage programme available in the core domain was used to analyse the sequence data. The resulting combined fasta files were loaded into Nexclade and Pangolin COVID-19 Lineage Assigner programmes and class assignment, mutation calls and sequence quality checks were performed. Statistical evaluation was performed using Statistical Package for Social Sciences (Windows v20.0, Armonk, NY) programme. Sequence results of a total of 68 patients whose SARS-CoV-2 positivity was confirmed in our laboratory and whose samples were suitable for sequence study were analysed with clinical data. While EG.5 variant was detected in 15 (22.1%) of the samples included in the study, different sub-variants other than EG.5 were detected in 53 (77.9%) samples. The first three most frequently detected variants were XBB.1.16, EG.5.1 and FL.1.5.1, respectively. The subtypes of the EG.5 variant were determined as EG.5.1.1, EG.5.1.3, EG.5.1.6 and EG.5.1. Of the patients included in the study, 20 (29.4%) were hospitalised and followed up, 14 of whom had moderate to severe clinical conditions. Four hospitalised patients with comorbidities at an advanced age resulted in exitus. In the statistical evaluation, no significant difference was found between EG.5 and nonEG.5 Omicron variants in terms of age group, clinical symptoms and disease severity. It is recommended to continue genomic surveillance for the timely identification of SARS-CoV-2 and changes in the clinical spectrum and implementation of appropriate countermeasures.

A sexually transmitted bacterium, Mycoplasma genitalium has varying rates of reported resistance to macrolide and some fluoroquinolone group antimicrobials recommended for the treatment of its infections. It is currently recommended that the treatment of these must be planned according to macrolide resistance status. The aim of this study was to determine the presence of macrolide resistance associated mutations (MRM) and fluoroquinolone resistance associated mutations (QRM) in patients infected with M.genitalium. Sixty-one patients who were ≥ 18 years old, presented to our outpatient clinic between March 2017-March 2022, had symptoms of urethritis/cervicitis according to the Centers for Disease Control and Prevention definition were included in the study. By nucleic acid amplification test (NAAT), the presence of M.genitalium (Mycoplasma-Ureaplasma-OSR for BD MAX, BioGX, the Netherlands) as well as Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis and Trichomonas vaginalis (BDMAX system, BD Diagnostics, USA) in the first stream urine samples was determined. Patients' age, gender, sexual orientation if indicated, diagnostic test results for human immunodeficiency virus (HIV) and syphilis, history of antibiotic use in the last three months, presence of concomitant microorganisms detected by NAAT and urine culture results of the symptomatic period were also recorded. Urine samples in which M.genitalium was detected were stored at -80 °C until the study day. On the study day, they were thawed and a modified real-time polymerase chain reaction (Rt-PCR) test was performed targeting the V region (147 bp) of the 23S rRNA gene for MRM and gyrA (nucleotides 172-402), gyrB (nucleotides 1256-1480), parC (nucleotides 164-483) and parE (nucleotides 1210-1489) gene regions for QRM. IBM SPSS 25 (IBM Inc., Armonk, NY, USA) software was used for descriptive statistical analysis of the patient data. Of the patients; 49 were male, 12 were female. The age range was 20-57 years. Sexual orientation of 15 (30.6%) male patients was men who have sex with men (MSM). Sixteen (26.2%) were individuals living with HIV and 14 (87.5%) were MSM. Four patients had previous syphilis infection. By NAAT, a second microorganism was present in 30 patients with M.genitalium; Ureaplasma urealyticum in 27 (90%), C.trachomatis in two (6.7%) and N.gonorrhoeae in one (3.3%) patient. Urine cultures performed in 42 (68.8%) of 61 patients during the symptomatic period yielded Lactobacillus delbrueckii in one patient. Eighteen (29.5%) patients had a history of antimicrobial use in the last three months. Macrolide resistance associated mutations was detected in 45 (73.8%) and QRM in 20 (32.8%) of M.genitalium infected individuals. Of those with MRM, 17 (37.8%) had concurrent QRM. Macrolide resistance associated mutations were detected at positions A2071G (75.6%) and A2072G (24.4%) in the 23S rRNA gene. The presence of QRM was detected in parC (85%) and gyrA regions (15%). C234T mutation in parC was detected in nine patients (45%), C184T in four, A248T in three and A248A in one, while A288G mutation in gyrA was detected in two patients and G285T mutation in one. Chi-square test showed no significant correlation between the presence of mutations associated with resistance and MSM, HIV/syphilis infection status and antimicrobial use in the last three months (p> 0.05). To the best of our knowledge, our study is the first study on antimicrobial resistance of M.genitalium in Türkiye and emphasizes the importance of macrolide resistance in symptomatic patients infected with M.genitalium. Further studies are needed for the clinical significance of mutations associated with fluoroquinolone resistance. Determination of antimicrobial resistance in M.genitalium diagnostic tests will be useful in terms of guiding treatment and preventing inappropriate treatment approaches in the early period.

Group B Streptococcus (GBS) or Streptococcus agalactiae is a pathogen that causes infections during pregnancy. The aim of this study was to investigate the antibiotic sensitivity profiles, capsule genotypes and biofilm forming capabilities of GBS isolates obtained from pregnant women . The study included 252 pregnant women who applied to Adana Gynecology and Children's Hospital between 2018 and 2023. The disk diffusion method was used to test antibiotic susceptibility. The multiplex polymerase chain reaction method was used to examine capsule genotypes (Ia-IX) and the genes responsible for resistance to erythromycin (ermB, ermTR, and mefA), clindamycin (linB) and tetracycline (tetM and tetO). The polystyrene microplate method was used to determine the presence of biofilm production. As a result of the study; It was observed that GBS isolates consisted of 44.8% III, 29% Ib, 20.6% Ia, 2.4% V, 1.6% IV, 1.2% II and 0.4% VI genotypes, respectively. All of the isolates were found be susceptible to cefotaxime, ampicillin, vancomycin, penicillin, and linezolid; however, 42.5% of the isolates were resistant to tetracycline, 33.3% to erythromycin and 24.2% to clindamycin. Erythromycin and tetracycline resistance genes were mostly detected in the capsule III genotype. It was observed that 6.3% of GBS isolates produced strong biofilm, 56% produced moderate biofilm and 37.7% produced weak biofilm. In the study, the distribution of capsule genotypes and changes in antibiotic susceptibility profiles of GBS isolates over the years were revealed. The results of this study contributed to the epidemiological studies on GBS infections by providing data.

This study was aimed to identify the most frequently observed pathogens in uncomplicated urinary tract infections from outpatient urinary isolates obtained across seven different geographical regions in Türkiye and to determine whether the antibiotic resistance rates of these pathogens differ significantly between these regions. The study included patients aged 18 to 65 years who were diagnosed with uncomplicated urinary tract infections and had positive urine cultures from March 2021 to August 2022, across 37 different centers in Türkiye. The participating centers were selected based on their use of the disk diffusion method, in line with the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) guidelines, to ensure standardization of urine culture data. A total of 1850 patients who met the inclusion criteria were included in the study. The analysis of the distribution of antibiotic resistance rates in Escherichia coli isolates revealed statistically significant differences in resistance to ampicillin, fosfomycin and nitrofurantoin across different regions (p< 0.05, p< 0.05, p< 0.05, respectively). The Southeastern Anatolia region was identified as having the highest resistance rates to fosfomycin and trimethoprim-sulfamethoxazole (27.4% and 35.3%, respectively). Additionally, the region with the highest nitrofurantoin resistance was determined as the Eastern Anatolia Region with a rate of 35.7% and the region with the highest ciprofloxacin resistance was determined as the Central Anatolia Region with a rate of 51%. Our study demonstrated that antibiotic resistance in the treatment of uncomplicated urinary tract infections varies by geographical region. We believe this comprehensive, national prospective study will provide valuable insights for clinicians planning empirical treatment for uncomplicated urinary tract infections.

Measles, rubella, mumps and chickenpox infections are among the childhood diseases that can be prevented by vaccination. Healthcare workers are at greater risk of diseases transmitted through contact with patients' respiratory secretions, infected blood and body fluids. Students studying in the field of health are at the risk of encountering infectious diseases as much as healthcare personnel during their internship and practice experience in healthcare institutions during their education. In addition, due to the risk of these students becoming a source of contamination to the patients they encounter, it is important to know their immunity against infectious diseases, to take protective measures before encountering patients and to implement the necessary vaccination programs. The aim of this study was to determine the seroprevalence of vaccine-preventable diseases such as measles, rubella, mumps and chickenpox among health technician students studying at Dokuz Eylül University Vocational School of Health Services. The population of this cross-sectional study consisted of second-year students at Dokuz Eylül University Vocational School of Health Services. Five hundred fifty health technician students participated in the research. The data of the study was obtained by survey and serology results. The survey included questions regarding the students' sociodemographic characteristics (age, gender, place of residence during childhood); information about their families (education level of mother and father, economic status of the family); presence of a history of measles, rubella, mumps and chickenpox; and history of vaccination against measles, rubella, mumps and chickenpox. Specific IgG type antibodies to measles, rubella, mumps and varicella viruses were determined using ELISA kits. IgG test results of these diseases were classified as qualitative (positive or negative). In this study, measles, rubella, mumps and chickenpox seropositivity in students was found to be 21.8%, 89.3%, 64.7%, 92.9%, respectively. Measles seropositivity was higher in students aged ≥21 years and with low income levels. Rubella seropositivity was higher in students who lived in rural areas and had low income during their childhood. Mumps and chickenpox seropositivity was higher in students who reported having mumps and chickenpox. Chickenpox seropositivity was higher in students who lived in rural areas during their childhood. In conclusion, in this study, we found that there was a significant proportion of health students who did not have protective levels of measles and mumps antibodies. This was much more evident for measles. Considering the higher risk of infection in health technician students, these vulnerable students may be recommended to receive the third dose of measles-mumps-rubella vaccine, regardless of their vaccination history. Additionally, conducting larger-scale studies on students with definitive vaccination records may allow obtaining more detailed information about the status of protection against these diseases.

Central nervous system infections (CNS) are life-threatening infections in children, requiring urgent intervention and rapid diagnosis. In this study, we aimed to investigate the efficacy of syndromic tests in diagnosing CNS infections and the distribution of viral pathogens in pediatric patients. A total of 145 pediatric patients with a prediagnosis of CNS infection based on clinical findings by a pediatric infectious disease specialist were included in the study. Microscopic examination, biochemical tests, bacteriologic culture, and syndromic test (BioFire® FilmArray® Meningitis/Encephalitis Panel) were performed on cerebrospinal fluid samples obtained from the patients. Nearly half (44.8%) of the patients were younger than one year of age, the median age was 12 months (6-60 months), and the male-to-female ratio was 1.7, with 92 male and 53 female patients. Viral pathogens were observed in most of the 29 (18.8%) patients with syndromic test positivity (n= 23, 79.4%), while bacterial pathogens were detected in 20.6% (n= 6). No fungal pathogens were detected. Bacterial pathogens were Streptococcus pneumoniae [3.4% (5/145)] and Neisseria meningitidis [0.7% (1/145)]. Viruses were enterovirus [6.9% (10/145)], human herpesvirus-6 [5.5% (8/145)], herpes simplex virus type 1 [1.4% (2/145)], cytomegalovirus [0.7% (1/145)], human parechovirus [0.7% (1/145)], varicella zoster virus [0.7% (1/145)]. The main finding in cases with positive syndromic test was fever (n= 19, 65.5%), followed by vomiting (n= 15, 51.7%), convulsion (n= 14, 48.3%) and rash (n= 6, 20.6%). For turnaround time the median was 111 minutes and the mean was 119 minutes. Despite the lack of a performance study including sensitivity and specificity for syndromic testing or alternative tests for viral etiology, our study demonstrates the benefits of syndromic testing in children with presumed CNS infections, such as shortening the diagnostic period and guiding empirical treatment. It also constitutes an affirmative example of laboratory and clinical collaboration.

According to the World Health Organization (WHO), leishmaniasis is a zoonotic/anthroponotic parasitic disease endemic in 99 countries. It is estimated that approximately 12 million people are infected with Leishmania spp. and 350 million people live at risk. Every year, two million new cases are added to these figures. One and a half million cases of zoonotic/anthroponotic cutaneous leishmaniasis and 500 000 cases of visceral leishmaniasis are reported annually. One person is estimated to to be infected with cutaneous leishmaniasis in every 20 seconds and visceral leishmaniasis causes 60 000 deaths. In this report, two pediatric cases diagnosed with visceral leishmaniasis were presented. In the study, bone marrow aspirations were performed to determine the etiology of the disease in an eight-month-old male patient with fever and hepatosplenomegaly who had been followed up in Manisa Celal Bayar University, Department of Pediatrics, Division of Pediatric Hematology with the diagnosis of severe glucose-6-phosphate dehydrogenase (G-6PD) deficiency since the neonatal period and in a nine-month-old female patient who had had a high fever and bicytopenia for two weeks. Bone marrow aspirations were cultured in NNN medium and their smears were stained and examined with Giemsa. rk-39 and Leishmania IFAT tests were performed by using patients' sera. Quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-qPCR) analysis was also performed for Leishmania spp. Leishmania spp. amastigotes were observed in Giemsa-stained smear preparations, Leishmania spp. promastigotes were grown in NNN medium, rk39 rapid diagnostic kit was weakly positive, Leishmania IFAT was positive at a titer of 1/1024 and Leishmania tropica was identified as the causative agent by RT-qPCR analysis for both cases. These two cases suggested that fatal cases of visceral leishmaniasis may increase with the spread of visceralized isolates of L.tropica, the most common causative agent of cutaneous leishmaniasis in Türkiye, and this issue may create a significant public health problem.

Aspergillus species are common hyphal fungi. In addition to allergies and mycotoxicosis, Aspergillus species can cause various infections known as aspergillosis. Aspergillosis of the respiratory tract, central nervous system, skin and soft tissues is well described. However, musculoskeletal infections due to invasive aspergillosis are not well described. Fungal joint infection due to invasive aspergillosis is a rare form of septic arthritis. In this case report, a patient who admitted to our hospital for liver transplantation and developed knee joint arthritis caused by Aspergillus flavus/Aspergillus oryzae during this process was presented. A 28-year-old male patient with autoimmune hepatitis was admitted to hospital with decompensated liver cirrhosis and encephalopathy. The patient, who was awaiting an emergency liver transplant, developed pain, swelling and limitation of movement in his right knee and appropriate consultations and tests were requested. Three joint fluid cultures taken one day apart and nine days later were positive for fungal growth. Macroscopic examination of the mould growth and microscopic examination with lactophenol cotton blue suggested a species belonging to the A.flavus complex and the isolate was identified as A.flavus/A.oryzae by matrix-assisted laser desorption/ionisation mass spectrometry (MALDI-TOF MS) (EXS 2600, Zybio, China). As a result of ITS gene sequencing, the species was determined to be A.oryzae. As cases have been reported where A.flavus and A.oryzae species could not be distinguished by ITS gene sequencing, the pathogen was defined as A.flavus/oryzae. The patient died of liver disease during treatment with amphotericin B. There are few cases of arthritis caused by Aspergillus species in the literature. Aspergillus species found in joint infections are, Aspergillus fumigatus, A.flavus, Aspergillus niger and Aspergillus terreus species complexes, in order of frequency. A.flavus and A.oryzae are closely related. They are difficult to distinguish by conventional methods, MALDI-TOF MS or ITS region sequencing, which is commonly used for genus/species identification in fungi. The number of Aspergillus arthritis cases is low and the identification methods applied to the species reported as causative agents in most studies can identify at the species complex level. In addition, it can be assumed that species not previously reported as causative agents may be encountered as a result of developments in identification methods. In the few publications in the literature where A.flavus complex was reported as the causative agent of joint infections, it seems possible that some of the agents may be A.flavus and some may be A.oryzae, since the agents were identified at the complex level. There are a limited number of cases in the literature where A.oryzae is the causative agent, particularly in the respiratory tract. A PubMed search using the keywords "A.oryzae infections, arthritis, osteomyelitis" did not reveal any literature on joint infections caused by A.oryzae.